为提高科技创新能力，加快科研成果产出，带动全院整体科研上质量、上水平。近期，鄂尔多斯市农科院围绕自治区“五大任务”和鄂尔多斯“三个四”目标，成立玉米育种研发创新、小杂粮育种研发创新、绒毛用羊种质资源保护利用与高效养殖创新、饲草高产高效生产应用研发4个核心团队，聚力打造1个自治区级重点实验室—绒山羊资源保护与创新联合实验室。

目前各团队正在开展耐盐碱、耐旱宜机收玉米种质创制与新品种选育以及玉米密植高产高效机械化生产技术研究工作，特色小杂粮特优品种选育、高效栽培技术及产业链延伸环节产品研发工作，绒山羊、细毛羊用羊遗传育种、繁殖、营养、饲养管理、智慧化养殖全过程的研发与示范推广工作及匮乏草品种研发等工作。与此同时，绒山羊资源保护与创新联合实验室的工作也有序开展，正在推进绒山羊基因分子检测、生物育种、种质资源库建设等工作。目前已完成动物营养研究实验室、动物无抗养殖研究实验室和公共平台的设备采购及部分设备的验收调试，并与北京康普森生物技术有限公司签署联合共建合作意向书。